食材業者や授産施設は、取引の相手方から消費税を預っています。この預った消費税を、「課税売上収入にかかる消費税」といいます。課税売上収入は、消費税の課税される取引の収入です。
この課税売上収入にかかる消費税をそのまま全額税務署に納めるわけではありません。

授産施設をみてください。
授産施設は、食材業者から商品を仕入れたとき、消費税を支払っています。
商品を購入したり、サービスの提供を受けたときに、支払う消費税を「課税仕入支出にかかる消費税」といいます。課税仕入支出は、消費税の課税される取引の支出です。支出する相手方が誰かということは関係ありません。すなわち、相手方が納税義務者か免税事業者かどうかは関係なく、その取引の内容で課税仕入支出かどうかを判断するのです。
いわゆる、仕入だけでなく、建物の購入や交通費などの経費の支払も、消費税ではすべて仕入といっています。
授産施設は、預った消費税から支払った消費税を差し引いて納めています。
つまり、授産施設の納付する税額は、
（課税売上収入にかかる消費税額）－（課税仕入支出にかかる消費税額）
ということになります。

上記のように、流通の各段階を順次転嫁されて最終的に消費者が消費税を負担します。

法人税、所得税、住民税は、納税義務者と税負担者が同一ですが、消費税は間接税なので納税義務者と税負担者が異なります。また、非課税売上に対応する課税仕入れ等については、仕入れに係る消費税額を控除できなくなるなど、単純に非課税や免税事業者が有利とは言えない場合もあります。

なお、消費税は直接税ではないので、社会福祉法人が、社会福祉法人として非課税扱いとなるのではなく、あくまでも取引課税であり、その取引が非課税取引か課税取引かという観点から区分した上で、当該社会福祉法人の行う課税取引について納税義務があるか、納税額はいくらかを計算するものです。

要するに、社会福祉事業としての取引が非課税であるといっても、そのことで、そのまま社会福祉法人が法人として非課税であるという結果になるとは限らない点に注意が必要です。