消費税は、国内において、有償（代金をもらって）で、商品を販売したり、建物を貸したり、サービスを提供したりする会社や個人で商売をする人たちが納付します。消費税では、これらの消費税を納める会社や人のことを「事業者」と呼んでいます。すべての法人と、事業をしている個人が、事業者ということになります。

消費税では、株式会社とか有限会社だけでなく社会福祉法人や宗教法人も事業者ということになります。事業者は、取引の相手方から消費税をもらって、それを税務署に納めなければなりません。 消費税を納めるのは、事業者であり、社会福祉法人も事業者に該当するということと、基準期間の課税売上収入が１千万円を超えれば社会福祉法人も納税義務があるということになります。課税売上収入とは、課税される取引の収入をいいます。また、基準期間とは、社会福祉法人の場合、前々年の会計年度をいいます。

消費税を納付する義務のない小規模な事業者のことを、「免税事業者」といいます。免税事業者とは、基準期間の課税売上収入が１千万円以下の事業者をいいます。

基準期間の課税売上収入が１千万円を超えることとなった場合には、「消費税課税事業 者届出書」を速やかに納税地の所轄税務署長に提出する必要があります。

ただし、申告納税する義務がない場合であっても、事業者本人の選択によって納税義務者を選択することもできます。たとえば、支払った消費税が多額で、受けとった消費税よりも多くて、申告すれば、消費税が還付されるようなケースです。

基準期間が免税事業者であった場合の課税売上収入は、税抜き処理を行なわないこととなります。すなわち、売上（収入）がそのまま課税売上収入になります。

社会福祉法人を新設した場合には、新設した年度と翌年度は基準年度がありませんから免税事業者に該当します。

消費税は、法人全体のすべての収入のうち課税収入が基準年度において１千万円超ある場合に、申告納税する義務があります。 会計単位ごとに判定するものではありません。
また、法人税という税金でいう収益事業か非収益事業かという区分はまったく関係ありません。

法人税は、収益事業だけを申告する税金ですが、消費税は非収益事業にも課税される取引がある税金だということをまず理解してください。
法人全体のすべての会計単位について、課税収入を集計して、それが基準年度に１千万円超あれば申告納税する義務があるということです。

申告納税する義務がある場合には、法人全体の収入を課税収入、非課税収入、特定収入、およびその他の収入の４種類に区分して集計しなければなりません。
収益事業とか非収益事業という区分は、法人税が課税されるかどうかの問題です。
消費税の納税義務の判定にはまったく関係ありません。
会計単位ごとに申告するものでもありません。
一つの社会福祉法人全体の課税対象となる取引を集計して、基準年度の課税売上が１千万円超であれば、申告納税義務があるということです。